Quand Thomas reprend connaissance, il est pris au piège avec d'autres garçons dans un labyrinthe dont, le plan est modifié chaque nuit. Il n'a plus aucun souvenir d'un monde extérieur, à part d'étrange rêve à propos d'une organisation appelée W.C.K.D.
En reliant les fragments de son passé avec des indices découverts dans le labyrinthe, Thomas espère trouver une issue.
Suite du contexte